"Ciências Básicas para o Desenvolvimento Sustentável"
24 a 26 de outubro de 2023
Trabalho 18413
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Biológicas e da Saúde |
| Área temática | Bioquímica |
| Setor | Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular |
| Bolsa | CNPq |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Apoio financeiro | CAPES, CNPq, FAPEMIG |
| Primeiro autor | Wesley Bailon Evangelista |
| Orientador | CIRO CESAR ROSSI |
| Outros membros | Filipe Augusto Teixeira, TIAGO ANTONIO DE OLIVEIRA MENDES |
| Título | Integração de dados de transcriptômica a modelo genômica de Solanum lycopersicum |
| Resumo | O tomate (Solanum lycopersicum) é um dos vegetais mais consumidos e popular no mundo. Além da grande importância que o mesmo tem mundialmente, ele também é utilizado como o principal modelo no estudo do metabolismo e no desenvolvimento de frutas frescas, devido a apresentar fácil cultivo e curtos ciclos de vida. A compreensão das vias metabólicas, referentes a características comerciais importantes, não são tão bem esclarecidas, como no caso do amadurecimento do fruto. Um melhor entendimento destas vias metabólicas, referente ao amadurecimento pode possibilitar novas abordagens a serem utilizadas na conservação pós-colheita do fruto. A estratégia “Genome-scale metabolic model” (GEM) tem permitido o desenvolvimento de modelos in silico, através da manipulação de um modelo metabólico, resultando numa melhor compreensão do funcionamento da rede bioquímica. Para buscar entender estas vias metabólicas, foi utilizado o genoma de Solanum lycopersicum para gerar um modelo que permita um entendimento maior destas redes bioquímicas. O modelo é refinado pela integração de dados de transcriptoma de diferentes tempos e tecidos durante o amadurecimento do fruto. O tecido selecionado foi o pericarpo nos tempos de 20DPA, MG e RR (20 dias após antese, verde maduro, vermelho maduro). Após a escolha do RNASeq, foi realizada a implementação do controle de qualidade e o pré-processamento dos dados brutos de sequências antes de serem integrados ao modelo. Na plataforma Galaxy/Europe, ocorre a análise e o processamento destes dados. Primeiramente ocorrerá a trimagem dos adaptadores, pelo Trim Galore (Trim Galore, The Babraham Institute), removendo os adaptadores ou qualquer tipo de sequência indesejada que estão ligadas às sequências de leitura oriundas do sequenciador. Posteriormente a este passo ocorre a verificação do controle de qualidade das sequências pelo FASTQC (FastQC, The Babraham Institute). Por fim, será estabelecido o parâmetro de transcrito por milhão (TPM) e o mapeamento com o genoma de referência anotado (Salmon quant). Um bom entendimento do modelo gerado pode permitir uma melhor compreensão sobre os genes e as redes bioquímicas associados ao amadurecimento do S. lycopersicum, permitindo que se possa gerar estratégias a fim de aumentar a vida pós-colheita do fruto. |
| Palavras-chave | Tomate, Modelo metabólico, Bioinformática |
| Forma de apresentação..... | Painel |
| Link para apresentação | Painel |
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