"Ciências Básicas para o Desenvolvimento Sustentável"
24 a 26 de outubro de 2023
Trabalho 18989
| ISSN | 2237-9045 |
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| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Biológicas e da Saúde |
| Área temática | Bioquímica |
| Setor | Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular |
| Bolsa | FAPEMIG |
| Conclusão de bolsa | Sim |
| Apoio financeiro | CAPES, CNPq, FAPEMIG |
| Primeiro autor | Saymon Gazolla Reis da Silva |
| Orientador | CIRO CESAR ROSSI |
| Outros membros | Miquéias Fernandes, TIAGO ANTONIO DE OLIVEIRA MENDES |
| Título | Análise de splicing alternativo associado ao amadurecimento da laranja |
| Resumo | Splicing alternativo é o processamento no qual um transcrito primário sofre modificações e dessa forma, pode gerar mais de um tipo de mRNA. Nesse sentido, um mesmo gene pode sintetizar proteínas distintas através do mecanismo de splicing alternativo. A bioinformática é utilizada para analisar os dados de splicing alternativo nas amostras, visualizar esses dados e selecionar alvos interessantes para validação experimental. Esse trabalho tem como objetivo analisar os eventos de splicing alternativo da laranja Citrus sinensis em 80 e 180 dias depois da floração para acompanhamento do desenvolvimento do fruto. Primeiramente, as leituras de sequenciamentos foram retiradas dos bancos de dados do National Center for Biotechnology Information(NCBI), elas são referentes aos dias de amadurecimento do fruto. Essas leituras são carregadas na plataforma web Galaxy Europe especializada em análises biológicas. Nela é feito o controle de qualidade das sequências por meio da ferramenta Trim Galore! e o resultado desse controle é observado pela ferramenta MultiQC. Após essa etapa, é feita a quantificação da abundância de leitura de sequenciamento de RNA por meio da ferramenta Salmon Quant. Também, utilizando o Google Colab é feito uma tabela gene-transcrito na qual o nome dos genes estão associados com seus respectivos transcritos, os dados para a elaboração dessa tabela também são retirados de bancos de dados do NCBI. Essa tabela juntamente com o resultado do Salmon Quant são utilizados na plataforma web 3D RNA-Seq que utiliza esses arquivos para fazer as análises de splicing alternativo. Nessa plataforma, foi feito o contraste de 80 dias versus 180 dias depois da floração para analisar os splicing alternativos. O 3D RNA-Seq revelou que nas condições do contraste, foram obtidos 290 genes que sofrem splicing alternativo, ou seja, 290 possíveis alvos envolvidos na etapa de amadurecimento da fruta e que podem ser testados em uma validação experimental. Dessa forma, a bioinformática é uma ferramenta poderosa para o estudo de splicing alternativo uma vez que essas abordagens exigem uma análise rigorosa de grandes quantidades de dados. Ademais, esses estudos são importantes para o entendimento biológico dos mecanismos de amadurecimento de frutos que envolvam o splicing alternativo, assim como para aplicações comerciais e econômicas no cultivo da laranja. |
| Palavras-chave | Bioinformática, splicing alternativo, laranja |
| Forma de apresentação..... | Painel |
| Link para apresentação | Painel |
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