“Inteligência Artificial: A Nova Fronteira da Ciência Brasileira”
19 a 24 de outubro de 2020
Trabalho 14420
| ISSN | 2237-9045 |
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| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Exatas e Tecnológicas |
| Área temática | Ciência da computação |
| Setor | Departamento de Informática |
| Bolsa | PIBIC/CNPq |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Apoio financeiro | CNPq |
| Primeiro autor | Amanda Marçal Rossinol |
| Orientador | SABRINA DE AZEVEDO SILVEIRA |
| Título | Visualização de padrões estruturais em interações proteína-proteína |
| Resumo | Interações proteína-proteína têm importante atuação na execução de processos biológicos nos organismos. A detecção de padrões nessas interações pode auxiliar na obtenção de maiores informações e detalhes sobre como elas ocorrem. O ppiGReMLIN, usado como referência, tem como objetivo a detecção de padrões por meio de uma estratégia baseada em mineração de grafos. Portanto, uma vez descobertos tais padrões, se faz necessária uma maneira de dispor e estudá-los de forma mais eficiente e clara. Assim sendo, o projeto tem como objetivo o estudo da estratégia utilizada no ppiGReMLIN, com ênfase nos resultados entregues pela mesma para proposição e implementação de formas de visualização dos padrões tanto de forma isolada como inseridos em complexos proteicos. Visando a disponibilidade para a comunidade científica, essas formas de visualização serão disponibilizadas por meio de web server, que está sendo desenvolvido com linguagens como Python, HTML/CSS e JavaScript. Além disso, foram escolhidas inicialmente para desenho de grafos e estruturas moleculares as bibliotecas d3.js, usada para visualização interativa de dados, e NGL, que dispõe de diversas opções de representação e seleção de estruturas recuperadas diretamente do Protein Data Bank (PDB). Dado que os padrões são representados por grafos bipartidos, onde os nós representam tipos de átomos e as arestas são as interações entre eles, uma das representações escolhidas é o desenho bidimensional dos mesmos, utilizando esquemas de cores para diferenciar interações e átomos uns dos outros. Uma segunda representação envolve a exibição dos padrões inseridos em complexos que os contém, proporcionando uma melhor noção da localização espacial na estrutura. Por se tratar de um trabalho ainda em andamento, outras formas como tabelas contendo outras informações relevantes deverão também ser consideradas em fases posteriores do desenvolvimento. Ao final, espera-se que as visualizações escolhidas e implementadas contribuam para detecção visual contextualizada dessas estruturas conservadas, auxiliando, por exemplo, no processo de design de peptídeos. |
| Palavras-chave | interações proteína-proteína, visualização, padrões |
| Forma de apresentação..... | Painel |
| Link para apresentação | Painel |
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