"A Transversalidade da Ciência, Tecnologia e Inovações para o Planeta"
5 a 7 de outubro de 2021
Trabalho 14997
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Pós-graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Agrárias |
| Área temática | Bioquímica |
| Setor | Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular |
| Bolsa | CAPES |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Apoio financeiro | CAPES, CNPq, FAPEMIG, Outros |
| Primeiro autor | Geniana da Silva Gomes |
| Orientador | MARIA CRISTINA BARACAT PEREIRA |
| Outros membros | Elizabeth Regina Alfaro-Espinoza, TIAGO ANTONIO DE OLIVEIRA MENDES |
| Título | Modelagem comparativa de uma metalo carboxipeptidase de Meloidogyne hapla |
| Resumo | As metalo carboxipeptidases (MCPs) são enzimas zinco-dependentes que catalisam a remoção das porções C-terminais de proteínas e peptídeos. As MCPs são relacionadas com o parasitismo de diferentes espécies de nematoides do gênero Meloidogyne em plantas. As metalo proteases perfazem 47% do total das proteases encontradas em Meloidogyne hapla, são as mais abundantes nesse fitoparasita e podem ser bons alvos para estratégias de controle do patógeno. Seis sequências putativas de zinco MCPs para M. hapla estão postadas no banco de dados UniProt. Contudo, essas proteínas são ainda pouco estudadas e não foram localizados relatos caracterizando-as na literatura. Esse trabalho objetivou estudar in silico uma MCP de M. hapla, por modelagem comparativa, utilizando diferentes ferramentas de geração de estrutura tridimensional. A sequência A0A1I8B4B5 (UniProt), referente a uma MCP de M. hapla, foi modelada pelos programas SWISS-MODEL, I-TASSER, ROBETTA e Phyre2. Os modelos obtidos foram respectivamente nomeados pelas letras S, I, R e P. A estrutura da carboxipeptidase N humana de código 2NSM (PDB) foi utilizada como modelo de referência, originando os modelos B5_S, B5_I, B5_R e B5_P. A avaliação comparativa dos modelos gerados foi realizada para escolha da melhor estrutura utilizando os programas YASARA para minimização de energia, PyMOL para alinhamento estrutural com proteína de referência, PROCHECK para plotagem do gráfico de Ramachandran, ProSA para avaliação da qualidade global e local, e Verify3D para avaliar a classificação das estruturas a partir de um modelo atômico. O modelo B5_P, obtido pelo Phyre2, que utilizou o método de modelagem por homologia, gerou os melhores resultados comparando as quatro estruturas preditas. O mínimo energético para B5_P foi de -230527,9 kJ/mol e pontuação de -0,93, enquanto que para B5_S foram de -223142,2 kJ/mol e -0,89, para B5_I de -247734,9 kJ/mol e -2,52 e para B5_R de -298665,9 kJ/mol e -0,73. No alinhamento estrutural, B5_P obteve o menor valor de RMSD, de 0,406, enquanto que para B5_S foi de 0,421, B5_I de 0,574 e B5_R de 0,731. No gráfico de Ramachandran 88,5% dos aminoácidos de B5_P foram posicionados no core das regiões permitidas, já para B5_S foi 85,6%, para B5_I foi 76,2% e para B5_R foi 88,8%. Na qualidade global, B5_P apresentou Z-score de -7,81, B5_S de -7,21, B5_I de -5,83 e B5_R de -7,87. Na qualidade local, B5_P obteve o melhor gráfico de energia, com pontuações negativas para a maioria dos aminoácidos da sequência, enquanto que os modelos B5_S, B5_I e B5_R apresentaram gráficos com pontuações positivas em algumas partes da sequência proteica. Na avalição pelo Verify3D, 83,9% dos aminoácidos de B5_P foram posicionados corretamente no modelo, já para B5_S foram 82,7%, para B5_I foram 70,7% e para B5_R foram 80,4%. Concluiu-se que a estrutura B5_P da MCP de M. hapla predita pelo Phyre2 melhor atendeu, comparativamente, aos padrões aceitos de modelagem, de acordo com as validações testadas. |
| Palavras-chave | Modelagem comparativa, carboxipeptidase, Meloidogyne hapla |
| Forma de apresentação..... | Vídeo |
| Link para apresentação | Vídeo |
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