Fome e Abundância: Um Paradoxo Brasileiro?
17 a 22 de outubro de 2016
Trabalho 7072
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Exatas e Tecnológicas |
| Área temática | Teoria e Tecnologia da informação |
| Setor | Departamento de Informática |
| Bolsa | FAPEMIG |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Apoio financeiro | FAPEMIG |
| Primeiro autor | Samuel da Silva Guimarães |
| Orientador | SABRINA DE AZEVEDO SILVEIRA |
| Outros membros | ANDREA DE OLIVEIRA BARROS RIBON, Danielle Mendes Silva, Monica Pacheco da Silva |
| Título | Análise de mutações para agrc |
| Resumo | Staphylococcus aureus é um dos principais patógenos da mastite bovina. A análise de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) dentro de quatro genomas de S. aureus causadores de mastite mostrou a presença de SNPs na sequência de agrC, proteína que influencia a expressão de muitos genes relacionados com a doença. Assim, hipotetizou-se que essas variações poderiam estar relacionadas com diferentes manifestações da doença. Com base na sequência de referência da proteína agrC, foi realizada uma busca no Protein Data Bank (PDB) e encontrou-se a estrutura 4BXI.A (Crystal structure of ATP binding domain of AgrC from Staphylococcus aureus), que compreende apenas parte da sequência de referência, com 153 resíduos (278-430). A partir do 4BXI, uma nova busca foi realizada no PDB para encontrar estruturas semelhantes a ela, resultando num conjunto de 82 estruturas, agrupadas a 40% de similaridade de sequência e 1 cadeia representativa de cada grupo foi obtida. Um alinhamento estrutural par a par foi realizado utilizando-se o Multiprot, alinhando cada uma das 82 estruturas com a entrada 4BXI.A. Gerou-se uma representação visual para esse alinhamento com esquema de cores CINEMA, de modo que cada sequência é mostrada como uma linha e as colunas correspondem a posições no alinhamento. Para evidenciar visualmente as semelhanças e diferenças no conjunto de dados, é importante que sequências semelhantes fiquem próximas entre si, para isso, utilizou-se o algoritmo Expectation Maximization (EM). As interações entre resíduos proteicos são uma característica estrutural importante que pode dar suporte à previsão do impacto de mutações na estrutura e função da proteína. Essas interações foram modeladas como grafos nos quais os átomos são vértices e as interações entre os átomos são as arestas. Para calcular as interações foi gerado o diagrama de Voronoi seguido da triangulação de Delaunay e os nós foram rotulados como carregado positivo, carregado negativo, aromático, hidrofóbico, doador ou aceptor. As arestas foram rotuladas de acordo com critério de distância e os tipos dos nós como ligação de hidrogênio, empilhamento aromático, hidrofóbica, repulsiva e ponte salina. As interações calculadas foram mapeadas do nível atômico para o nível de resíduos, sendo os nós os resíduos e as interações as arestas e o grafo não direcionado. A partir do conjunto de proteínas modeladas como grafos, algumas medidas de centralidade (grau, closeness, betweenness) que são frequentemente utilizadas em redes complexas foram calculadas através do pacote iGraph do software R, cada uma delas fornecendo uma perspectiva distinta de centralidade. Isso nos permitiu identificar posições variantes na sequência de agrC que são importantes para a estrutura da proteína e que merecem ser investigados em novos trabalhos, para determinar a prevalência dessa variação entre um maior número de isolados e determinar seu efeito sobre a capacidade da bactéria causar a doença. |
| Palavras-chave | Bioinformática, Mutação, Análise de redes complexas |
| Forma de apresentação..... | Oral, Painel |