Fome e Abundância: Um Paradoxo Brasileiro?
17 a 22 de outubro de 2016
Trabalho 7011
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Biológicas e da Saúde |
| Área temática | Biotecnologia |
| Setor | Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular |
| Bolsa | PIBIC/CNPq |
| Conclusão de bolsa | Sim |
| Apoio financeiro | CAPES, CNPq, FAPEMIG |
| Primeiro autor | Paolla Mara Dellabrida de Andrade e Faria |
| Orientador | CLAUDIO LISIAS MAFRA DE SIQUEIRA |
| Outros membros | Igor Martins Strelow, Paulo Henrique Costa de Lima, Rafael Mazioli Barcelos, Raphael Contelli Klein |
| Título | Construção de bibliotecas genômicas de A. sculptum para sequenciamento em plataforma de nova geração Illumina HiSeq 2500. |
| Resumo | Os carrapatos são artrópodes hematófagos obrigatórios amplamente encontrados em diversos ecossistemas. Dentre as principais espécies de carrapatos destaca-se o Amblyomma sculptum, espécie que possui ampla versatilidade parasitária, sendo capaz de infestar naturalmente um grande número de vertebrados silvestres e domésticos, inclusive o homem. Apesar de sua de importância médico-veterinária, até o momento, nenhum genoma de A. sculptum foi descrito. Além disso, há um limitado número de genes depositados em bancos de dados. Entretanto, essas informações são essenciais para estudos que envolvam a relação patógeno-hospedeiro e que possibilitem o desenvolvimento de novas estratégias de tratamento e controle deste artrópode. Visando o sequenciamento do genoma (nuclear e mitocondrial) de A. sculptum, este trabalho teve como objetivo a construção de bibliotecas genômicas compatíveis com a plataforma de sequenciamento Illumina HiSeq 2500. Para isso, inicialmente extraiu-se o DNA nuclear utilizando-se QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN, USA) e o DNA mitocondrial com QIAprep Spin Miniprep Kit (QIAGEN, USA). As amostras de DNA total e mitocondrial dos carrapatos foram, então, quantificadas com o kit Quant-iT™ PicoGreen® (Invitrogen, UK) e normalizadas à 2,5 ng/μL para a construção das bibliotecas. Para a preparação das bibliotecas genômicas, 50 ng de DNA de cada amostra foi submetida a uma “tagmentação”, etapa na qual a amostra foi fragmentada por meio de transposases e em seguida foram adicionadas regiões adaptadoras. Posteriormente, o DNA “tagmentado” foi purificado utilizando-se o kit PureLink PCR Purification (Invitrogen, UK) e submetida a uma reação em cadeia da polimerase para adição dos indexes aos adaptadores. Todas as etapas de construção da biblioteca foram realizadas com o kit Nextera DNA Sample prep (Illumina,USA). Ao final, a qualidade das amostras foi analisada utilizando-se High Sensitivity DNA Analysis Kit (Agilent Technologies, USA) e uma alíquota dessa biblioteca contendo 2 nM de fragmentos de DNA foi quantificada através de uma curva de quantificação absoluta utilizando o kit KAPA SYBR® FAST qPCR (Kapa Biosystems, USA), seguindo as recomendações do fabricante, em equipamento StepOne Real Time (Applied Biosystems, USA). As bibliotecas obtidas apresentaram qualidade dentro do padrão requisitado, com um tamanho aproximado de 250 pb sem arraste, numa concentração acima de 17 nM, características compatíveis com as condições necessárias para o sequenciamento em plataforma Illumina HiSeq 2500. A preparação de bibliotecas com este padrão de qualidade permitirá o sequenciamento dos genomas nuclear e mitocondrial, enriquecendo o conhecimento sobre o genoma completo de A. sculptum, além de possibilitar a publicação inédita de genomas mitocondriais e nucleares desse carrapato. O treinamento adequado para a construção de bibliotecas genômicas de qualidade abrirá portas para o sequenciamento de genomas de novas espécies, dentro da própria UFV. |
| Palavras-chave | A.sculptum, sequenciamento, biblioteca genômica |
| Forma de apresentação..... | Painel |