Fome e Abundância: Um Paradoxo Brasileiro?
17 a 22 de outubro de 2016
Trabalho 6305
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Agrárias |
| Área temática | Biotecnologia |
| Setor | Departamento de Fitopatologia |
| Bolsa | CNPq |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Apoio financeiro | CAPES, CNPq, FAPEMIG, Outros |
| Primeiro autor | Pedro Ricardo Rossi Marques Barreiros |
| Orientador | Eveline Teixeira Caixeta |
| Outros membros | LAERCIO ZAMBOLIM, NEY SUSSUMU SAKIYAMA, Rafaela Leite Prado Rocha, Sávio Siqueira Ferreira |
| Título | Busca por transposons no genoma de Hemileia vastatrix |
| Resumo | A ferrugem alaranjada é uma das principais doenças do cafeeiro, podendo causar drásticas quedas na produtividade se não controlada. O fungo patogênico Hemileia vastatrix apresenta altos índices de variabilidade genética, gerando o surgimento de novas raças e suplantando a resistência das variedades de café obtidas nos programas de melhoramento. Ainda não se sabe o mecanismo que causa tamanha variabilidade, uma vez que seu modo de reprodução seja assexual. Desta forma, existe a hipótese que elementos transponíveis no DNA, tais como transposons, são responsáveis pelo aumento de variabilidade genética do fungo. Assim, o objetivo desta primeira etapa do trabalho foi identificar o número e a localização de retrotransposons LTR, uma subclasse de transposons, presentes no genoma de H. vastatrix. Para as análises, foi utilizado o banco de sequências de DNA do genoma de referência de H. vastatrix que está sendo desenvolvido em consórcio entre Universidade Federal de Viçosa (UFV), Universidade Federal de Lavras (UFLA) e Universidade de Delaware (UDEL), Newark, Estados Unidos. O genoma, o qual constituirá o primeiro genoma de referência da espécie, já foi montado e está disponível para as análises do grupo de trabalho. A montagem deste genoma contém 58.535 contigs, com N50 e N90 de 11.385 e 3.762 pb, respectivamente. Para a busca por retrotransposons do tipo LTR, utilizou-se o programa LTR-Finder (http:tlife.fudan.edu.cn/ltr_finder/), o qual busca por padrões que representam a estrutura típica de um retrotransposon de LTR. Assim, o programa relata possíveis modelos de retrotransposons do tipo LTR, em diferentes níveis de confiança, de acordo com quantos sinais e domínios esse apresentar. Foram encontrados 1.117 retrotransposons LTR presentes em diversos contigs do genoma analisado, variando de 1 a 12 retrotransposons LTR por contig. Alguns contigs não apresentaram nenhum retrotransposon.. Sabe-se que se um retrotransposon se inserir perto de genes isso pode alterar seu padrão de expressão ou função a partir de diversos mecanismos. Um exemplo de mecanismo é o RIP (Repeat-induced point mutation) que são mutações pontuais induzidas por repetição. As RIPs são uma defesa do genoma de fungos contra elementos transponíveis que super muta DNAs repetitivos de forma a limitar o movimento e acúmulo desses elementos. Estudos sugerem que essas mutações pontuais podem se extender além destas regiões repetitivas e pode acabar mutando regiões codificantes do genoma. Desta forma, a próxima análise deste projeto consistirá em predizer as proteínas presentes nos contigs onde foram encontrados os retrotransposons e analisar a possível influência destes retrotransposons nas regiões codificantes localizadas nesses contigs. Conclui-se, então, que existe um grande número de retrotransposons presentes no genoma de H. vastatrix// e que estes podem estar relacionados à grande variabilidade genética deste fungo que causa uma importante doença do café. |
| Palavras-chave | genômica, transposon, variabilidade do patógeno |
| Forma de apresentação..... | Painel |