Das Montanhas de Minas ao Oceano: Os Caminhos da Ciência para um Futuro Sustentável
20 a 25 de outubro de 2025
Trabalho 22036
| ISSN | 2237-9045 |
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| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Exatas e Tecnológicas |
| Área temática | Dimensões Sociais: ODS3 |
| Setor | Departamento de Informática |
| Bolsa | CNPq |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Apoio financeiro | CNPq |
| Primeiro autor | Gabriela Ouriques Gonçalves Dias |
| Orientador | SABRINA DE AZEVEDO SILVEIRA |
| Outros membros | Vinícius de Almeida Paiva |
| Título | Classificação e agrupamento de sítios metálicos em proteínas |
| Resumo | O cálcio (Ca²⁺) é um dos metais mais abundantes na biosfera e cumpre funções cruciais nos organismos vivos, como regulação metabólica, transmissão nervosa, contração muscular, estabilização estrutural de proteínas e atividade catalítica. Sua interação com proteínas ocorre por meio de sítios de ligação específicos, cuja organização tridimensional influencia diretamente a seletividade e a afinidade pelo íon. A diversidade estrutural desses sítios reflete a variedade funcional das proteínas cálcio dependentes. Este trabalho tem como objetivo identificar padrões estruturais recorrentes em sítios de ligação de cálcio, com base na análise computacional de estruturas proteicas tridimensionais disponíveis no banco de dados MetalPDB. Foram utilizados 31.506 sítios mínimos funcionais contendo cálcio. Após renomeação padronizada dos arquivos PDB e extração das cadeias, os sítios foram classificados segundo as superfamílias CATH e SCOPe. Em seguida, os sítios de cada superfamília foram submetidos a alinhamentos estruturais todos contra todos com a ferramenta TM-align, e as médias dos TM-scores foram utilizadas para construir matrizes de similaridade simétricas. Essas matrizes foram convertidas em distâncias (1 − similaridade) e submetidas a agrupamento hierárquico utilizando o método de encadeamento simples (single linkage), com aplicação de limiar fixo de 0,5 para definição dos agrupamentos. Para cada cluster, foi selecionado um sítio representativo com base na melhor resolução disponível via API do RCSB PDB. Em casos de empate, foi escolhido o sítio com maior similaridade média com os demais membros do grupo. Os representantes selecionados foram comparados entre si para investigar padrões estruturais compartilhados entre super famílias distintas. Os resultados preliminares indicam a existência de arranjos recorrentes na coordenação do cálcio, sugerindo convergência funcional. A metodologia aplicada mostrou-se eficaz na organização e comparação de sítios metálicos em larga escala, permitindo a identificação de padrões relevantes e fornecendo subsídios para estudos funcionais, desenvolvimento de fármacos e aplicações em bioinformática estrutural. |
| Palavras-chave | cálcio, sítios metálicos, bioinformática estrutural |
| Forma de apresentação..... | Painel |
| Link para apresentação | Painel |
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