| Resumo |
Calonectria pteridis é o agente causal da mancha foliar e desfolha do eucalipto, especialmente em regiões de clima quente e úmido, como no Norte e Nordeste do país. O uso de genótipos resistentes é, atualmente, a única estratégia de manejo da doença, cuja eficácia dependa do conhecimento sobre a diversidade genética e fisiológica das populações do patógeno. Apesar da crescente relevância da doença, são escassos os estudos sobre a variabilidade genética e fisiológica do patógeno. Marcadores microssatélites (SSRs) são ferramentas importantes para análises genéticas, por serem codominantes, reprodutíveis, polimórficos por apresentarem ampla distribuição no genoma. No entanto, até o momento, não há registros de SSRs desenvolvidos especificamente para C. pteridis, o que limita sua caracterização genética. A padronização das condições de amplificação de SSRs é essencial para garantir confiabilidade e reprodutibilidade dos dados obtidos. Isso inclui a determinação da temperatura ideal de anelamento e o uso da PCR em multiplex, que permite a amplificação simultânea de múltiplos loci em uma única reação, proporcionando agilidade nas análises e economia de insumos. Diante disso, este trabalho objetivou padronizar as condições de amplificação de SSRs em reações individuais e otimizar sua combinação em reações de PCR multiplex, visando sua aplicação em estudos genéticos de C. pteridis. Foram utilizados nove marcadores SSR (Cp_SSR1, Cp_SSR2, Cp_SSR20, Cp_SSR29, Cp_SSR42, Cp_SSR59, Cp_SSR64, Cp_SSR72 e Cp_SSR97) obtidos a partir do genoma do isolado C. pteridis LPF059. Os primers correspondentes foram inicialmente testados individualmente em PCR convencional, utilizando três temperaturas de anelamento (52 °C, 54 °C e 56 °C). Após essa etapa, os primers, marcados com fluoróforos, foram combinados em reações de PCR multiplex, considerando o tamanho esperado dos fragmentos e a compatibilidade entre fluoróforos. Os produtos das PCRs foram testados em duas diluições (1:20 e 1:50), com os isolados LPF059 e LPF294. A separação dos fragmentos foi realizada por eletroforese capilar em sequenciador ABI 3500, e os dados foram analisados com o software GeneMapper. A temperatura de anelamento de 56 °C, associada à diluição na proporção de 1:50, apresentou maior eficiência nas reações de PCR, tanto em amplificações individuais quanto em multiplex, gerando perfis eletroforéticos nítidos e reprodutíveis. Todos os nove pares de primers testados apresentaram picos bem definidos e com boa distinção entre os fragmentos. Os marcadores foram organizados em três grupos multiplex otimizados. Assim, foi estabelecido um protocolo de amplificação padronizado para aplicação em estudos genéticos da espécie C. pteridis. |