| Resumo |
A embriogênese somática indireta (ESI) de Coffea é um processo de regeneração in vitro de plântulas a partir de explantes foliares de uma planta doadora. Genes como bbm1, aux/iaa33, wox4, lec1 e yucca4 estão envolvidos com as mudanças fisiológicas e anatômicas observadas durante a ESI. Sua taxa de expressão é intimamente relacionada à sua metilação global, uma vez que a metilação tendencia a inibição da transcrição. O perfil do metiloma é interessante na compreensão dos mecanismos de controle da cultura de tecidos do café, especialmente considerando as diferenças nas respostas morfogênicas obtidas em diferentes espécies. Sendo assim, o trabalho teve por objetivo caracterizar o metiloma de segmentos selecionados das regiões promotoras dos genes bbm1, aux/iaa33, wox4, lec1 e yucca4 nas três espécies C. arabica, C. canephora e C. eugenioides. A cultura de tecidos foi realizada a partir de fragmentos foliares inoculados em meio semissólido de indução de calos friáveis, ou células desdiferenciadas, em 90 dias. Os calos posteriormente foram transferidos para o meio de regeneração de embriões somáticos. O DNA das plantas doadoras foi extraído pelo método Doyle & Doyle adaptado com sorbitol, e sua qualidade atestada por análise em Nanodrop. As anotações genômicas depositadas no banco de dados NCBI para as três espécies de café foram analisadas e os genes do trabalho froam identificados. As regiões upstream dos genes foram selecionadas e analisadas por métodos de bioinformática para o desenho de primers. A inoculação teve uma taxa de contaminação de 23% e os calos friáveis tiveram aspecto ideal para transferência para o meio de regeneração de embriões somáticos. O DNA extraído dos calos e das folhas apresentou concentrações em torno de 220 ng/μL e pureza de aproximadamente 1,9. Com base na localização dos elementos regulatórios e de sítios de fatores de transcrição, regiões upstream de até 2,7 kb foram selecionadas para investigar alvos de metilação nas regiões promotoras de cada gene. Os alvos de metilação foram preditos pela ferramenta MethPrimer e primers com mais de 8 marcações (CpG) foram selecionados para PCR específico de bissulfito. O anelamento dos primers foi confirmado pela ferramenta BLAST do banco de dados NCBI. A taxa de estabelecimento dos calos friáveis foi alta e o DNA extraído apresentou ótima qualidade. Isso favorece as próximas etapas do trabalho, que consistirão na conversão do DNA pelo bissulfito e o sequenciamento das regiões-alvo designadas pelos primers. Esperamos que os presentes resultados contribuam para as próximas análises como as de expressão dos genes utilizados no trabalho, e dessa forma evidenciar como a sua epigenética é modulada durante a ESI em Coffea. |