| Resumo |
A Síndrome de Distúrbio Fisiológico do Eucalipto (SDFE) afeta diretamente a qualidade da madeira em árvores de Eucalyptus grandis nos estados brasileiros da Bahia e Espírito Santo. No entanto, a síndrome não ocorre em São Paulo, o que sugere que a SDFE é causada por estresses abióticos, uma hipótese apoiada por análises anteriores de transcriptomas induzidos pela SDFE. Neste estudo, analisamos regiões diferencialmente metiladas (DMRs) em caules e folhas, comparando o genótipo resistente 1404 com os genótipos suscetíveis 520 e 2361. Também identificamos DMRs induzidas pela SDFE em amostras sintomáticas dos genótipos 520 e 2361. As análises diferenciais de metilação foram realizadas utilizando a tecnologia de sequenciamento de genoma completo com bissulfito (WGBS). Além disso, dados de expressão gênica (RNA-Seq) foram utilizados para investigar a regulação epigenética associada à SDFE. O delineamento experimental incluiu três repetições biológicas para cada tratamento em árvores de E. grandis com sete meses de idade, cultivadas sob as mesmas condições ambientais e de manejo. Para o processamento dos dados de WGBS, utilizou-se a ferramenta de corte Trimmomatic, seguida de análise de qualidade com FastQC e PHred 33. O pacote Bismark foi empregado para mapear as leituras ao genoma de referência, remover leituras duplicadas e extrair os dados de metilação. A identificação das DMRs entre os tratamentos foi realizada com o software SekMonk, utilizando parâmetros estatísticos baseados no teste do qui-quadrado com valor de p < 0,05, teste binomial negativo com p < 0,05 e um limiar de diferença de metilação superior a 25%. A partir dos dados de RNA-Seq, a expressão diferencial de genes foi determinada com valor de p ajustado (pdj) < 0,05 e alteração de expressão com módulo de log₂FC superior a 1. A filtragem de qualidade removeu aproximadamente 10% dos nucleotídeos de baixa qualidade. A análise de componentes principais (PCA) e a matriz de correlação mostraram um agrupamento satisfatório entre os tratamentos dentro de cada genótipo. A análise de DMRs entre os genótipos suscetíveis e o resistente identificou várias regiões diferencialmente metiladas; no entanto, um número menor de DMRs foi encontrado na comparação entre amostras sintomáticas e assintomáticas do genótipo 520, na qual foram identificadas 202 DMRs, sendo 80 regiões hipermetiladas e 122 hipometiladas. No genótipo 2361, foram detectadas 1227 DMRs, incluindo 713 regiões hipermetiladas e 514 hipometiladas nas amostras sintomáticas em relação às assintomáticas. A integração dos resultados de expressão gênica com os perfis de metilação para os contrastes 520SS x 520AS e 2361SS x 2361AS revelou uma possível regulação epigenética de genes responsivos ao estresse abiótico, especialmente aqueles associados à reparação de DNA e à morte celular. Esses achados refletem as manifestações da SDFE. |