| Resumo |
Stenotrophomonas maltophilia Palleroni & Bradbury 1993 é uma bactéria Gram-negativa, aeróbica e ubíqua, encontrada em uma variedade de ambientes, sobretudo, associada a plantas. Apesar de ser conhecida por seu potencial oportunista em infecções nosocomiais, tem emergido como um microrganismo com aplicações promissoras na agricultura sustentável, principalmente na promoção de crescimento vegetal (PGP) e no biocontrole de fitopatógenos. Essas características fazem da espécie um candidato relevante para estudos genômicos voltados à identificação de genes relacionados a interações benéficas com plantas. Nesse sentido, o presente trabalho teve como objetivo investigar o potencial de S. maltophilia na promoção de crescimento vegetal por meio da prospecção genômica de genes associados a essa funcionalidade. Para isso, foi realizada uma análise comparativa do pangenoma da espécie utilizando a ferramenta Bacterial Pan Genome Analysis (BPGA), com base em 76 genomas disponíveis no repositório público NCBI, previamente analisados quanto à completude e à contaminação no software CheckM. Além disso, foi empregado o banco de dados KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) para a anotação funcional dos genes. Em seguida, a identificação específica de genes relacionados à promoção de crescimento vegetal foi realizada por meio da ferramenta PGPg_finder, que possibilita a prospecção de genes com funções como produção de fitormônios, aquisição de fósforo, nitrogênio, ferro, dentre outros. A análise do pangenoma revelou a presença de 2570 genes core, 950 a 1835 genes acessórios e 38 genes únicos. A curva de rarefação revelou um pangenoma aberto, com um valor de b = 0,31168, sugerindo alta variabilidade genômica e potencial adaptação a diferentes nichos ecológicos. Ademais, a anotação funcional revelou a prevalência de genes associados ao processamento de informação genética e metabolismo no genoma core, e processos celulares, processamento de informações ambientais e doenças humanas nos genomas acessório e único. Já prospecção por meio do PGPg_finder detectou genes associados à PGP direta, como genes de aquisição de ferro (hutA|fatA|fct|foxR, ymfI|fabG|efpI, tonB), solubilização de fosfato (gloB|gloC, ybgC, oprO), desintoxicação de metais pesados (cusS|copS|silS, czcD|zitB|yrdO, arsR), dentre outros. Conclui-se que S. maltophilia apresenta diversidade genética compatível com múltiplas estratégias de promoção de crescimento vegetal, reforçando seu potencial como bioinoculante para práticas agrícolas sustentáveis. A análise do pangenoma integrada à prospecção funcional permitiu identificar genes-chave que poderão subsidiar estudos funcionais futuros e aplicações biotecnológicas voltadas à redução de impactos ambientais na agricultura. |