“Bicentenário da Independência: 200 anos de ciência, tecnologia e inovação no Brasil e 96 anos de contribuição da UFV”.
8 a 10 de novembro de 2022
Trabalho 17569
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Pós-graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Agrárias |
| Área temática | Biologia geral |
| Setor | Departamento de Biologia Geral |
| Bolsa | CAPES |
| Conclusão de bolsa | Sim |
| Apoio financeiro | CAPES |
| Primeiro autor | Giovana gomes estanislau |
| Orientador | Eveline Teixeira Caixeta Moura |
| Outros membros | Bruna Lopes Mariz, Danúbia Rodrigues Alves, Dênia Pires de Almeida, Edson Mario de Andrade Silva |
| Título | Regulação de análogos a genes de resistência em genótipo resistente na interação Coffea-Hemileia vastatrix |
| Resumo | A resistência do cafeeiro na interação com o fungo Hemileia vastatrix é condicionada por no mínimo nove genes. Devido ao alto potencial adaptativo do fungo, a busca por cafeeiros resistente a esta doença é uma atividade recorrente nos programas de melhoramento do cafeeiro. O Híbrido de Timor (HdT), é um híbrido interespecífico natural entre Coffea arabica e Coffea Canephora e tem sido de grande importância nas pesquisas destinadas à resistência duradoura a H. vastatrix. Entretanto, o HdT ainda contém genes que não foram caracterizados e não há genoma sequenciado. Com isso a busca por genes tem sido realizada em genoma de C. arabica que é subdividido em duas porções, C. eugenioide (CE) e C. canephora (CC), um alotetraploide originário dessas duas espécies. Sendo assim, na porção de CC, se espera que sejam encontrados genes que geralmente estão associados com a resistência, por isso, é relevante olhar os genes que estão especificamente nessa porção. Portanto, objetivou-se nesse trabalho realizar análise de expressão diferencial de classes de análogos a genes de resistência (RGAs) identificados no genoma de C. arabica no transcriptoma da interação incompatível entre HdT 832/1 CIFIC-H.vastatrix e localização dos genes na porção do genoma referente a CC. Foi realizada uma busca, no banco de dados (NCBI), das sequências FASTA das proteínas anotadas no genoma de C. arabica relacionadas a resistência. Para a análise de expressão diferencial, as reads presentes no transcriptoma da interação foram processados com base no software Trimmomatic. Também foi utilizado o software fastQC para possibilitar a visualização da qualidade das bases das reads. As reads de alta qualidade do transcriptoma foram submetidas à ferramenta Kallisto, objetivando realizar o pseudo-alinhamento das reads nos transcritos identificados no genoma de C. arabica, possibilitando quantificá-las. Os dados gerados pela ferramenta kallisto foram submetidos a pipeline do DESeq2. Por meio da integração das informações geradas, utilizando linhas de comando Linux, foi gerado Heatmap dos genes de resistência que são up regulados exclusivamente no HdT (interação incompatível). Posteriormente foi realizada a localização desses genes diferencialmente expressos no subgenoma de C. arabica (Coffea eugenioides e C. canephora). Foram identificados 63 prováveis genes diferencialmente expressos de resistência, sendo que, 38 estão na porção referente a espécie C. eugenioides enquanto que a porção referente a C. canephora foram encontrados 25 genes. Em relação às proteínas presentes em ambas as porções, foram encontradas oito classes: CNL, CN, NL, N, RLK no RRGPredictor e no DRAGO2 e as classes RLK, KIN e L apenas no DRAGO2, sendo que, a classe KIN e L são exclusivas dessa ferramenta. Esses genes identificados são de suma importância no programa de melhoramento do cafeeiro, a fim de desenvolver marcador molecular para uso na seleção assistida para obtenção de cultivares resistentes a H.vastatrix. |
| Palavras-chave | bioinformática, Café, ferrugem do cafeeiro |
| Forma de apresentação..... | Painel |
| Link para apresentação | Painel |
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