Resumo |
As solanáceas são ricas em peptídeos antimicrobianos(AMPs) encontrados em folhas, frutos e sementes. Entre seus AMPs, os inibidores de carboxipeptidases (ICPs) são potenciais alvos para novas pesquisas, pois inibem carboxipeptidases, que são proteases que desempenham funções fisiológicas essenciais nos organismos vivos e pouco é descrito sobre esses inibidores na literatura. Nesse contexto, trabalhos que visem compreender as características estruturais e de sequência dos ICPs das solanáceas e suas possíveis aplicações biotecnológicas são de alto interesse científico. Assim, esse trabalho objetivou avaliar as características de sequência, toxicidade e potencial antimicrobiano dos ICPs das solanáceas, visando identificar padrões de similaridade. Primeiramente, foi realizada uma busca de sequências de ICPs de solanáceas nos bancos de dados do MEROPS, KNOTTIN, NCBI, UniProt e PDB, em que sequências repetidas em mais de um banco de dados foram deletadas. Um conjunto de ICPs identificados a partir dos genomas das solanáceas, em um trabalho anterior do nosso grupo de pesquisa, também foi utilizado nas análises. As sequências selecionadas foram submetidas a alinhamento múltiplo pelo Clustal Omega e ao software MView para análise de conservação entre as sequências e proposta de um motivo global de caracterização. Além disso, todas as sequências foram submetidas ao software ProtParam para obter os parâmetros físicos e químicos dos ICPs, incluindo ponto isoelétrico (pI), massa molecular, carga e índice de hidropatia. A formação de estruturas secundárias das sequências foi predita pelo software PSIPRED 4.0. O software ToxinPred foi utilizado para predição da toxicidade e hidrofobicidade dos ICPs e a avalição do potencial antimicrobiano dos ICPs foi feita analisando os parâmetros de carga e hidrofobicidade obtidos para cada sequência. No total foram analisadas 116 sequências. O motivo consenso CXXXCXXXXDCXXXXXXCXXC é proposto para caracterização global dos ICPs, em que X é qualquer resíduos e 90% dos ICPs analisados foram caracterizados por ele. Os ICPs possuem massa molecular entre 3,5 e 6,5 kDa, o pI é influenciado pela carga e varia entre 4 e 9, em sua maioria são catiônicos e ICPs de Solanum tuberosum neutros. O índice de hidropatia é negativo para a maioria das sequências analisadas. As estruturas secundárias presentes nos ICPs são variadas, apresentam pelo menos uma estrutura em β ou α, em que ICPs de uma mesma espécie possuem estruturas secundárias mais semelhantes. Os ICPs foram avaliados como tóxicos e com alto potencial antimicrobiano em sua maioria, apresentam moderada hidrofobicidade e são catiônicos. Os resultados desse trabalho resumem a maioria das informações físico-químicas dos ICPs de solanáceas já identificados, propõem um motivo global para classificação deles baseada no distanciamento entre as cisteínas conservadas e enfatiza o potencial biotecnológico dessas moléculas como possíveis agentes de defesa contra patógenos de plantas. |