“Bicentenário da Independência: 200 anos de ciência, tecnologia e inovação no Brasil e 96 anos de contribuição da UFV”.
8 a 10 de novembro de 2022
Trabalho 17277
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Agrárias |
| Área temática | Microbiologia |
| Setor | Departamento de Fitopatologia |
| Bolsa | PIBIC/CNPq |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Apoio financeiro | CNPq |
| Primeiro autor | Josué Euclides Silva Teixeira |
| Orientador | ACELINO COUTO ALFENAS |
| Outros membros | Fernando Montezano Fernandes, Marcia Ferreira Queiroz, RAFAEL FERREIRA ALFENAS |
| Título | Sequenciamento, montagem e anotação do genoma completo de Calonectria pteridis, agente causal da mancha-de-calonectria |
| Resumo | Calonectria pteridis é um importante patógeno em plantações de eucalipto no Brasil ocasionando a mancha-de-calonectria, uma doença foliar desvastadora, principalmente em regiões mais quentes e úmidas. A doença é caracterizada por pequenas manchas foliares arredondadas ou alongadas, de coloração cinza clara progredindo para marrom clara, as quais podem coalescer e cobrir grande parte do limbo foliar, levando a desfolha severa. Considerando o potencial impacto econômico desse patógeno e a ausência de informações genômicas, esse trabalho teve como objetivo sequenciar, montar e caracterizar o genoma de C. pteridis. Para o sequenciamento do genoma, o isolado LPF059 pertencente à Coleção de Culturas do Laboratório de Patologia Florestal (LPF), UFV, foi inicialmente cultivado em meio batata-dextrose-ágar por 10 dias. Em seguida foi cultivado em meio de batata-dextrose por 48h a 26 ºC e 180 rpm. O DNA foi extraído usando o DNeasy Plant Mini Kit de acordo com as instruções do fabricante. A biblioteca de DNA (tamanho de inserto, ~350 pb) foi preparada de acordo com o protocolo do fabricante e sequenciada usando a plataforma Illumina NovaSeq 6000 por GeneOne Biotechnology. O controle de qualidade das leituras geradas foi realizado com os programas FastQC v. 0.11.5 e Trimmomatic v. 0.39. A montagem ab initio foi realizada com o programa SPADES v. 3.12.0 testando diferentes K-mers. A predição de sequências codificadoras de DNA (CDS) foi realizada usando BRAKER v. 2.1.6. A completude do repertório gênico foi realizada usando o BUSCO v. 5.0.0. Os genes de rRNA e tRNA foram anotados por Barrnap v. 0.9 e tRNAscan-SE v. 2.0.6. As sequências repetitivas foram preditas usando RepeatModeler v.2.0.1 e RepeatMasker v. 4.1.1. O tamanho estimado do genoma variou de 56.565.321 pb a 56.655.434 pb. A montagem do genoma gerou 1.167 scaffolds com um total de 58.373.473 pb, N50 de 322.939 pb e conteúdo GC de 50,21%. O maior scaffold apresentou 1.316.024 pb. Um total de 17.812 genes foram preditos, incluindo 17.388 sequências codificadoras, 78 rRNA (5S = 75, 5,8S = 1, 18S = 1, 28S = 1) e 346 tRNA. A análise de completude do repertório de genes mostrou 99,8% de completude (96,5% como cópia única e 3,3% como genes duplicados) com 1.706 genes ortólogos e conservados do banco de dados Ascomycota. O conteúdo repetitivo representou 5,93% (3.462.544 pb) do genoma montado de C. pteridis LPF059: Elementos transponíveis (ETs) tipos LTR (1,39%), repetições simples (0,71%), transposons de DNA (0,37%), ETs tipo LINE (0,24%), regiões de baixa complexidade (0,12%), círculos rolantes (0,07%), pequenos RNA (0,05%), ETs tipo SINEs (0,03%), regiões satélites (0,02%) e sequências repetitivas desconhecidas (2,94%). Este trabalho fornece uma base para estudos futuros em estrutura genética populacional, genômica comparativa e transcriptômica que poderá contribuir para o desenvolvimento de estratégias de manejo inovadoras e eficazes da mancha-de-calonectria em plantios comerciais de eucalipto. |
| Palavras-chave | Mancha-de-Calonectria, genômica, scaffold |
| Forma de apresentação..... | Painel |
| Link para apresentação | Painel |
|---|