“Bicentenário da Independência: 200 anos de ciência, tecnologia e inovação no Brasil e 96 anos de contribuição da UFV”.
8 a 10 de novembro de 2022
Trabalho 16767
| ISSN | 2237-9045 |
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| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Pós-graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Agrárias |
| Área temática | Genética |
| Setor | Departamento de Agronomia |
| Bolsa | CAPES |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Apoio financeiro | CAPES, Outros |
| Primeiro autor | Brunna de Figueiredo Duarte |
| Orientador | GUILHERME DA SILVA PEREIRA |
| Outros membros | Antônio Augusto Franco Garcia, Arione da Silva Pereira, Caroline Marques Castro, João Ricardo Bachega Feijo Rosa |
| Título | Análise da estrutura populacional e do relacionamento genômico em um painel de acessos de batata (Solanum tuberosum) tetraploide |
| Resumo | A batata (Solanum tuberosum) é uma espécie de grande importância para a alimentação no mundo. Por ser uma espécie tetraploide (2n = 4x = 48) e altamente heterozigótica, a análise de associação entre fenótipos e genótipos é complexa e pode apresentar baixo poder ou acarretar falsos positivos. Para controlar a detecção de tais falsos positivos, que representam associações espúrias, a investigação prévia da estrutura populacional e do parentesco é uma etapa extremamente importante. Assim, esse trabalho teve como objetivo analisar a estrutura genética populacional e o relacionamento genômico realizado de um painel de acessos de batata tetraploide, construído para fins de mapeamento associativo. Este painel, constituído por 244 genótipos, contempla acessos oriundos de diferentes bancos de germoplasma, advindos dos programas de melhoramento do Brasil, Quênia e Estados Unidos. Os acessos foram genotipados para 8.303 marcadores moleculares do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (single nucleotide polimorphism – SNP), com base na plataforma de genotipagem Illumina, Infinium 8.303 Potato Array, obtidos pela Embrapa Clima Temperado. Inicialmente, cada acesso foi categorizado em uma das cinco possíveis classes de dosagens dos alelos, em uma análise feita para cada marcador utilizando o pacote R fitTetra v.1.0. O estudo da estrutura populacional e do parentesco entre os indivíduos foi realizado por meio da análise de componentes principais (PCA) e do cálculo da matriz de relacionamento genômico de VanRaden com ploidia igual a quatro, respectivamente, utilizando os pacotes R pcaMethods v.1.86.0 e AGHmatrix v.2.0.4. Após classificação dos marcadores, 6.093 SNPs foram efetivamente utilizados para a realização das análises. Ao analisar os dois primeiros componentes principais, um total de, aproximadamente, 10% da variância total pode ser explicada. Foi possível notar a existência de três grupos no painel de batata considerado, a saber: grupo um (G1), com indivíduos do Brasil e da África; grupo dois (G2), com indivíduos dos EUA e da África; e grupo três (G3), com indivíduos dos EUA, do Brasil e da África. Ao verificar o dendrograma construído com a matriz de relacionamento genômico, foi possível notar duas populações discrepantes, uma representando G1 e, outra, G2 e G3. De forma geral, os indivíduos dos EUA mostraram maior divergência em relação aos acessos do Brasil e da África, que estiveram mais próximos entre si. Esses resultados mostram que há estruturação e diferentes magnitudes de relacionamento neste painel de batata. Acredita-se que os padrões aqui detectados serão muito importantes para o controle de associações espúrias em estudos futuros de mapeamento associativo para a espécie. |
| Palavras-chave | PCA, poliploides, SNP |
| Forma de apresentação..... | Vídeo |
| Link para apresentação | Vídeo |
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