Bioeconomia: Diversidade e Riqueza para o Desenvolvimento Sustentável
21 a 25 de outubro de 2019
Trabalho 12334
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Biológicas e da Saúde |
| Área temática | Ciências Biológicas |
| Setor | Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular |
| Bolsa | PIBIC/CNPq |
| Conclusão de bolsa | Sim |
| Apoio financeiro | CAPES, CNPq |
| Primeiro autor | Joao Pedro Vianna Braga |
| Orientador | CLAUDIO LISIAS MAFRA DE SIQUEIRA |
| Outros membros | Ananda Pereira Aguilar, Fernanda Sales de Araújo, PEDRO MARCUS PEREIRA VIDIGAL, Thaís Lourenço Martins |
| Título | Sequenciamento e montagem de genoma do carrapato Amblyomma sculptum |
| Resumo | O carrapato Amblyomma sculptum pode ser encontrado em todo o território brasileiro, principalmente nas regiões Sudeste, Centro-Oeste e Sul. Alimentam-se obrigatoriamente de sangue, cujos principais hospedeiros são equinos, bovinos e capivaras, porém por possuírem baixa especificidade parasitária podem ser encontrados em outros animais, inclusive em humanos. Além de causar dor, febre, inflamações e estresse aos animais, este ácaro é vetor da bactéria Rickettsia rickettsii, agente etiológico da Febre Maculosa Brasileira. Atualmente, o controle populacional deste carrapato é realizado por métodos químicos, não totalmente eficazes e de altos custos, acarretando consideráveis perdas para sistemas industriais de produção pecuária, devido à diminuição do potencial de produção da carne, do peso e até mesmo óbito dos animais. O objetivo deste trabalho é sequenciar o genoma do carrapato A. sculptum, o qual aliado a estudos de transcriptômica, permitirá novas frentes de pesquisa na área de genômica e da interação parasita-hospedeiro, gerando suporte ao desenvolvimento de novas estratégias e alvos moleculares destinadas ao seu controle populacional. O DNA foi extraído utilizando um kit de extração comercial (Invitrogen®) com posterior avaliação qualitativa e quantitativa. Através da eletroforese em gel de agarose 1%, verificou-se uma banda íntegra, sem degradação e sem contaminação com RNA e proteína. A concentração da amostra foi de 83,800 ng/μl, utilizando o equipamento Qubit®, com razão de absorvância A260/A280 igual a 2,039 pelo SpectraDrop® (Spectra Max M5). Estabelecidas as recomendações de qualidade e quantidade, a amostra de DNA foi transferida para um tubo GenTegra e liofilizada em SpeedVac à temperatura ambiente. A amostra foi enviada para a empresa GenOne Biotechnologies onde foi preparada uma biblioteca de 350 pb usando a plataforma Illumina NovaSeq. Nesse sequenciamento, foram obtidas 163878573 sequências com tamanho de 150 nt, correspondendo a uma cobertura do genoma de 24,582 vezes, considerando um genoma haplóide de 1Gb. As sequências foram analisadas no software FastQC versão 0.11.8 e processadas nos softwares Trimmomatic versão 0.39 e AfterQC versão 0.9.7-2 para remover sequências de adaptadores e regiões sequenciadas com baixa acurácia. Após esse processamento, 154347933 sequências foram selecionadas com tamanhos variando entre 35 e 150 nt. Em seguida o genoma foi montado no software CLC Genomics Workbench versão 6.5.1 e foram realizadas diferentes montagens variando o valor de “k-mer”. Os relatórios descritivos da montagem foram obtidos usando o software Assembly Stats versão 1.0.1-1 e a melhor montagem correspondeu a um total de 533202 sequências, com um tamanho total de 1,365601478 Gb e um valor de N50 de 2965 nt. Esses dados correspondem ao primeiro genoma de Amblyomma sculptum sequenciado. |
| Palavras-chave | Amblyomma sculptum, Sequenciamento, Genoma |
| Forma de apresentação..... | Painel |