Ciência para a Redução das Desigualdades
15 a 20 de outubro de 2018
Trabalho 10033
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Biológicas e da Saúde |
| Área temática | Ciências Biológicas |
| Setor | Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular |
| Bolsa | FAPEMIG |
| Conclusão de bolsa | Sim |
| Apoio financeiro | FAPEMIG, FUNARBE |
| Primeiro autor | Aramis do Carmo da Silva |
| Orientador | TIAGO ANTONIO DE OLIVEIRA MENDES |
| Outros membros | ANDREA DE OLIVEIRA BARROS RIBON, Priscila Gonçalves Ferreira, Tulio Morgan |
| Título | Desenvolvimento de novo método de detecção de resíduos de antimicrobianos em leite baseado na tecnologia de aptâmeros de DNA |
| Resumo | Aptâmeros são oligonucleotídeos com tamanho variando entre 70 a 100 nucleotídeos e podem ser de DNA ou RNA. Os aptâmeros podem se ligar a diferentes biomoléculas incluindo carboidratos, proteínas e lipídeos. Além disso, seu uso em relação a anticorpos é bem vantajoso devido à maior vida útil, baixo custo de produção, fácil síntese e manipulação. Aptâmeros são identificados utilizando a metodologia SELEX (Evolução Sistémica de Ligantes por Enriquecimento Exponencial), que consiste em uma biblioteca de oligonucleotídeos geradas aleatoriamente e utiliza ciclos iterativos para a seleção. A metodologia SELEX deve ser bem planejada, envolve muitos ciclos de seleção, muitas semanas para se obter bons resultados, passível de erros e possui custo elevado. Devido aos desafios de aplicação do método de SELEX, é de grande necessidade a criação de uma abordagem computacional que gera aptâmeros contra alvos específicos. O objetivo do presente estudo é criar uma abordagem computacional que simule a metodologia SELEX, consistindo de uma iteração simples de amostragem e classificação de sequências tendo como parâmetro de seleção a menor energia livre de ligação baseada em abordagens de Dinâmica Molecular. Inicialmente a estrutura da molécula alvo de interesse é carregado no sistema, uma caixa delimitadora é gerada baseada nos valores de mínimos e máximos das coordenadas cartesianas x, y e z da estrutura 3D do alvo. A caixa delimitadora será preenchida por nucleotídeos dA, dG, dC e dT adicionados a partir de uma distribuição uniforme e aleatória. Nucleotídeos com menor energia livre de ligação serão selecionados e ligados covalentemente nas posições 3’OH-5’P, enquanto que o restante da biblioteca será eliminado. O aptâmero gerado será dockado na estrutura da molécula alvo utilizando o programa Vina, através do resultado do docking molecular será realizado o cálculo da energia livre de ligação do complexo aptâmero-alvo utilizando o programa NAMD. Foram criados 11 aptâmeros contendo 7 nucleotídeos a partir da metodologia proposta pelo presente estudo, foi selecionado a sequência que obteve menor energia livre de ligação. A próxima etapa será o teste in vitro para a validação do resultado. A presente metodologia será utilizada para produzir uma sonda contra his-Tag e sondas contra antibióticos para compor um teste rápido de identificação desta analito no leite. Os aptâmeros produzidos serão comparados com anticorpos comerciais anti-His e contra testes rápidos de detecção de antibióticos no leite para avaliar a eficiência, especificidade e sensibilidade de detecção. |
| Palavras-chave | Aptâmeros, Docking Molecular, Dinâmica Molecular |
| Forma de apresentação..... | Painel |