Do Lógico ao Abstrato: A Ciência no Cotidiano
23 a 28 de outubro de 2017
Trabalho 8989
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Exatas e Tecnológicas |
| Área temática | Ciência da Computação |
| Setor | Departamento de Informática |
| Bolsa | PIBIC/CNPq |
| Conclusão de bolsa | Sim |
| Apoio financeiro | CNPq |
| Primeiro autor | Socrates Soares Araujo Junior |
| Orientador | SABRINA DE AZEVEDO SILVEIRA |
| Outros membros | Samuel da Silva Guimarães |
| Título | VERMONT: Uma ferramenta para visualização de mutação |
| Resumo | Mutações são eventos que ocorrem naturalmente devido à evolução, alterando a sequência de resíduos de aminoácido e, dependendo de onde a mutação ocorre, como o sítio de ligação ou o sítio ativo, a proteína pode perder sua função. Um importante problema da área de Bioinformática é prever o possível impacto na função de uma proteína que sofreu uma mutação, podendo tal impacto ser até a desestabilização da estrutura. Partindo desse ponto, foi proposta uma ferramenta interativa de visualização chamada VERMONT (Visualization Mutation Tool) que, dado uma proteína mutante, fornece diferentes dados sobre a família à qual a mutante pertence, o que permite abordar o problema sob diferentes perspectivas. Uma primeira versão foi apresentada no ano passado apenas com a parte estrutural da ferramenta funcionando, onde todos os cálculos são feitos. Agora apresentamos uma versão mais avançada, já com um visual definitivo que contém as visualizações dos dados gerados. Para a apresentação dos dados, utilizamos uma tabela onde as linhas são as cadeias de cada proteína estudada e as colunas são as posições no alinhamento gerado. É gerada uma tabela para cada conjunto de informações – alinhamento sequencial baseado em estrutura (1); contatos entre os resíduos das proteínas (2); uma para cada métrica de centralidade de redes complexas (3); e acessibilidade ao solvente (4) – e cada uma com um esquema de cores que codifica os dados para uma visão geral mais resumida e para fácil percepção de padrões e anomalias. Em (1) utilizamos 2 padrões de cores, o CLUSTAL e o CINEMA, para que o usuário possa escolher o melhor para ele trabalhar, codificando em cores os grupos de resíduos. Em (2) os grupos de resíduos são classificados em cores, assim como em (1), mas ao selecionar uma posição do alinhamento, ou seja, uma coluna, é possível ver com quais outros resíduos eles fazem contato. Em (3), existem três tabelas individuais com formato de heatmaps para: grau, betweenness e closeness. Essas são as três medidas de centralidade utilizadas para dar noção de quão importante um nó é numa rede, no caso, um resíduo é na proteína. Em (4), também um heatmap é apresentado de acordo com o grau de acessibilidade de cada resíduo. Essas visualizações contam também com detalhes sob demanda, que ao passar o mouse sobre uma célula da tabela, dados sobre o resíduo em questão são apresentados em uma caixa pop up. Assim, as atualizações no design e nas visualizações trouxeram mais dinamismo, clareza e melhor usabilidade para a ferramenta. |
| Palavras-chave | bioinformática, mutação, visualização |
| Forma de apresentação..... | Painel |