Do Lógico ao Abstrato: A Ciência no Cotidiano
23 a 28 de outubro de 2017
Trabalho 8278
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Biológicas e da Saúde |
| Área temática | Genética |
| Setor | Departamento de Biologia Geral |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Primeiro autor | Rafael Paulo da Silva |
| Orientador | COSME DAMIAO CRUZ |
| Outros membros | Isabela de Castro Sant'anna, Karoline Hellen Madureira de Melo, MARCIANE DA SILVA OLIVEIRA, Renato Domiciano Silva Rosado |
| Título | Rede de Proximidade para Formação de Grupos de Ligação |
| Resumo | O mapa genético é um modelo abstrato do arranjo linear de um grupo de genes ou marcadores. Para a construção de um mapa de ligação é necessário fazer, preliminarmente, o teste de segregação de cada marca, constatando que as proporções estão dentro de valores esperados, de acordo com os princípios mendelianos, para a população de trabalho. Posteriormente calcula-se a frequência de recombinação entre pares de marcadores e, então, realiza-se o agrupamento e ordenamento identificando o número de grupos de ligação e a disposição dos marcadores em cada grupo. Neste trabalho foi postulada a hipótese de realizar o agrupamento por meio da técnica baseada em rede de correlações que neste estudo representaria, alternativamente, a rede de proximidade. O genoma simulado foi representado por cinco pares de cromossomos (2n = 2x = 10) de tamanho de 100 centiMorgans. A genotipagem foi realizada em 200 indivíduos de uma população de mapeamento F2 derivada de cruzamento entre genitores homozigotos contrastantes. Os marcadores eram do tipo codominantes e espaçados de forma equidistante. As análises genômicas consistiram em realizar o teste de segregação de locos individuais, sob hipótese de segregação 1:2:1, comprovada pelo teste de qui-quadrado. Também foram calculadas as porcentagens de recombinação, pelo método da máxima verossimilhança, e gerada a matriz de distância, de dimensão 100 x 100, cujos elementos representam a porcentagem de recombinação entre cada par de marcador. Para transformação das medidas de distância, cujos valores paramétricos situam-se no intervalo 0-50cM, em valores de similaridades, com intervalo de variação entre 0 e 1, foi proposto o uso do índice: Rt = 1 – r/50, em que Rt é índice de similaridade (0-1) e r a distância (em cMorgam) entre cada par de marcador. O algoritmo de Fruchterman-Reingold (Fruchterman & Reingold, 1991) foi usado para criar um layout direcionado à força para a rede, no qual a proximidade entre os nós (traços) foi proporcional ao valor absoluto de relação entre esses nós (representado no estudo por um dos 100 marcadores). As análises foram realizadas utilizando o software Genes versão 2016 em integração com o R Versão 3.1.2. Dessa forma, para o estabelecimento da rede de proximidade utilizou-se, dentro do aplicativo R, o pacote “Qgraph”. Os resultados indicaram que todos os marcadores segregavam, individualmente, como esperado dentro da expectativa de segregação mendeliana (1:2:1). A rede de proximidade revelou inequivocamente a existência de cinco grupos de ligação e, dentro de cada grupo de proximidade, um posicionamento das marcas que já revelaram certo ordenamento. Tais resultados evidenciam o grande potencial do uso da rede de proximidade para fins de mapeamento em populações derivadas de cruzamentos controlados e permite especular sua potencialidade em estudos de desequilíbrio de ligação em populações naturais cujas causas determinantes do desequilíbrio vão além da ligação fatorial. |
| Palavras-chave | GENÔMICA, MAPA DE LIGAÇÃO, REDE DE CORRELAÇÃO |
| Forma de apresentação..... | Painel |