Do Lógico ao Abstrato: A Ciência no Cotidiano
23 a 28 de outubro de 2017
Trabalho 7999
| ISSN | 2237-9045 |
|---|---|
| Instituição | Universidade Federal de Viçosa |
| Nível | Graduação |
| Modalidade | Pesquisa |
| Área de conhecimento | Ciências Biológicas e da Saúde |
| Área temática | Bioquímica |
| Setor | Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular |
| Bolsa | FAPEMIG |
| Conclusão de bolsa | Não |
| Apoio financeiro | FAPEMIG, FUNARBE |
| Primeiro autor | Aramis do Carmo da Silva |
| Orientador | TIAGO ANTONIO DE OLIVEIRA MENDES |
| Outros membros | ANDREA DE OLIVEIRA BARROS RIBON, Higor Sette Pereira, Priscila Gonçalves Ferreira |
| Título | Desenvolvimento de novo método de detecção de resíduos de antimicrobianos em leite baseado na tecnologia de aptâmeros de DNA |
| Resumo | Aptâmeros são oligonucleotídeos com tamanho variando entre 70 a 100 nucleotídeos e podem ser de DNA ou RNA. Os aptâmeros podem se ligar a diferentes biomoléculas incluindo carboidratos, proteínas e lipídeos e seu uso em relação a anticorpos é bem vantajoso devido à maior vida útil, baixo custo de produção, fácil síntese e manipulação. Aptâmeros são identificados utilizando a metodologia SELEX (Evolução Sistémica de Ligantes por Enriquecimento Exponencial), que consiste em uma biblioteca de oligonucleotídeos geradas aleatoriamente e utiliza ciclos iterativos para a seleção de sondas que se liguem especificamente a um alvo. A metodologia SELEX deve ser bem planejada, envolve muitos ciclos de seleção, muitas semanas para se obter bons resultados, passível de erros e apresenta custo elevado. Devido aos desafios de aplicação do método de SELEX, é de grande necessidade a criação de um software gerador de aptâmeros contra alvos específicos. O objetivo do presente estudo é criar um software que simule a metodologia SELEX, consistindo de uma iteração simples de amostragem e classificação de sequências tendo como parâmetro de seleção a entropia relativa mínima. Inicialmente a estrutura da proteína ou pequeno ligante tais como antibióticos de interesse é carregado no software, uma caixa delimitadora é gerada baseada nos valores de mínimos e máximos das coordenadas cartesianas x, y e z da estrutura 3D do alvo. As posições dentro da caixa delimitadora serão preenchidos por nucleotídeos dA, dG, dC e dT adicionados a partir de uma distribuição uniforme e aleatória. Nucleotídeos com conformações desfavoráveis, caracterizadas pela interseção com o alvo ou próprio aptâmero serão descartados. Os nucleotídeos com entropia relativa mínima mais baixa serão selecionados. As etapas de criação da caixa delimitadora e distribuição aleatória e uniforme de nucleotídeos foram findados com êxito confirmado pelo plug-in Add solvation box do programa VMD. As próximas etapas será utilizar o programa autodock e autodock Vina implementado na plataforma PyRx para otimização de modo de ligação entre nucleotídeos e alvos. Também serão utilizados métodos de dinâmica molecular para cálculo de energia livre e seleção de nucleotídeos da sequência de aptâmeros finais. A presente metodologia será utilizada para produzir uma sonda contra his-tag e sondas contra antibióticos para compor um teste rápido de identificação desta analito no leite. Os aptâmeros produzidos serão comparados com anticorpos comerciais anti-his e contra testes rápidos de detecção de antibióticos no leite para avaliar a eficiência, especificidade e sensibilidade de detecção. |
| Palavras-chave | aptâmero, software gerador de aptâmeros, entropia relativa mínima |
| Forma de apresentação..... | Painel |