Resumo |
A medicina tem como um de seus maiores desafios combater bactérias resistentes aos antibióticos frequentemente usados, sendo necessário um maior estudo sobre antimicrobianos com diferentes mecanismos de ação, dificultando o desenvolvimento de resistência bacteriana, de forma a contornar esse problema. Peptídeos laço demonstraram alto potencial de controlar o crescimento de microrganismos competidores por nutrientes em ambientes como o rúmen, nos quais alguns têm atividade de inibição da RNA polimerase de bactérias. Além da dificuldade de identificação de genes relacionado a síntese de peptídeos laço, a produção heteróloga deste metabólito em bactérias é impedida devido a ação tóxica antimicrobiana destas moléculas. Assim, a produção em L. tarentolae, um protozoário avirulento para humanos e facilmente manipulado em laboratório, poderia ser uma opção viável e prática desta nova classe de antimicrobianos. Inicialmente foi realizado um estudo anterior utilizando ferramentas de bioinformática onde, ainda com uma alta variação de sequência dessa família de peptídeos, os padrões de conservação de aminoácidos utilizados possibilitaram a predição de potenciais peptídeos laço inibidores de RNA polimerase bacteriana, visto que os registros foram de proteínas hipotéticas com funções desconhecidas até o presente. O objetivo deste estudo é validar a atividade dos potenciais inibidores encontrados, avaliando se as espécies recomendadas de fato expressam peptídeos laço com atividade inibidora de RNA polimerase de bactérias e expressão do cluster biossintético otimizado em L. tarentolae. Sequências de potenciais peptídeos laço, obtidas anteriormente, foram comparadas com os inibidores de RNA polimerase, tal que apenas duas sequências mostraram identidades significativas, expressadas por Butyrivibrio sp. NC3005 e E. cellulosolvens LC2006. Com a análise da interação proteína-proteína, foram preditos os aminoácidos responsáveis pela ligação entre peptídeo laço e RNA polimerase, pela conservação nas sequências de inibidores e proximidade dos resíduos após docking molecular. Com isso, um padrão de sequência de peptídeos laço com esta atividade foi gerado e buscado em genomas de bactérias presentes no rúmen, tal que B. proteoclasticus e B. fibrisolvens se destacaram com maiores potenciais em expressar peptídeos laço inibidores de RNA polimerase, mas L. bacterium MA2020 e R. albus também demonstraram certo potencial. Os clusters de genes produtores de peptídeos laço identificados terão os códons otimizados para expressão em Leishmania e serão clonados no vetor comercial pLEXSY especifico para transformação de L. tarentolae. Os níveis de expressão dos peptídeos laço recombinantes serão mensurados e atividade antimicrobiana será validada sobre diferentes espécies de bactérias. |